DNA甲基化已被证明能在多种生物过程中起到重要作用,包括基因表达、剂量补偿、基因组稳态等等。近年来,其在癌症和许多其他疾病相关领域中也日益受到关注。源宜基因提供的高通量测序可以实现在单碱基分辨率下进行基因组水平的甲基化分析。甲基化测序时采取先富集后测序的路线,可以大大减少测序量。

富集人类全基因组范围CpG位点后,仅需要约1/4个Lane的HiSeq 2000 2 x100bp测序即可进行人类全基因组水平的甲基化研究,而且甲基化位点可获得更高测序深度,同时进行更多样本的研究。此外,还提供定制型的甲基化富集产品,用于任意物种、不同实验目的与样本规模的目标区域甲基化测序,满足各类甲基化研究需求。

甲基化区域富集产品系列

甲基化产品设计

捕获区域

DNA起始量

捕获方法

人类全基因组甲基化

覆盖启动子区、基因间区等550万个CpG位点,
总捕获区域约80.5Mb

1μg

双链捕获

人类基因组甲基化区域

支持人类甲基化目标区域探针定制,含0-30Mb,
30-60Mb,60-90Mb三种规格

1μg

  双链捕获

任意物种基因组甲基化区域

支持所有物种甲基化目标区域探针定制,含0-30Mb,30-60Mb,60-90Mb,90-210Mb四种规格

1μg

  双链捕获

 

生物信息分析

标准数据分析

个性化数据分析

测序数据质量控制,测序数据预处理
预处理后的reads与参考基因组比对
统计落在捕获区域的reads比例
捕获区域单个CpG/CHG/CHH位点的测序深度和甲基化比例
捕获区域单个位点和100bp区段的甲基化水平比较和差异筛选
差异甲基化位点和区段的基因、CpG岛和功能注释
对差异甲基化基因进行GO和KEGG富集分析

 

 

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应用领域

癌症研究。

 

相关案例

DNA动态甲基化调控心肌细胞发育成熟与疾病

心脏是高度分化的器官,心肌细胞基因组的甲基化调控着心肌细胞的发育与疾病过程。本研究构建了从胚胎干细胞,新生动物心肌组织,健康成年动物心肌组织到心衰心肌细胞的甲基化动态图谱,发现心肌细胞DNA的甲基化是一个动态可逆的过程,基因组不同位置比如启动子、基因和操纵子具有不同的甲基化模式。研究者鉴定出了79655个在心肌细胞不同时期甲基化程度不同的基因。心肌细胞基因DNA的甲基化多表现为基因表达上调。衰老心肌细胞的DNA甲基化模式与新生机体心肌细胞甲基化模式有部分相同。

 

图1 小鼠不同生命阶段心肌细胞Myh6与Myh7基因的甲基化程度

 

参考文献

Gilsbach R, Preissl S, Gruning B. Dynamic DNA methylation orchestrates cardiomyocyte development, maturation and disease[J]. Nature Communications, 2014.5:5288-5288.