新一代高通量技术大大降低了基因组测序的成本,缩短了研究周期。根据参考基因组的有无以及生信分析策略不同,细菌基因组测序分为细菌de novo和细菌重测序。细菌de novo 基于组装精细程度,分为细菌框架图、细菌精细图和细菌完成图。

技术路线

基因组DNA → 文库构建与质检 → 文库定量上机测序 → 原始数据质控过滤 → 高质量数据

技术参数

样品要求 服务类型 文库类型 测序策略 指标 项目周期
样品类型:DNA
样品总量≥5ug
样品浓度≥50ng/ul
1.8≤OD260/280≤2.0
细菌框架图 500bp小片段文库 HiSeq PE150  ≥100X 30个工作日
细菌精细图 小片段文库与大片段文库结合 HiSeq PE150
MiSeq PE300
≥150X
≤30条scaffold
60个工作日
细菌完成图 小片段文库与大片段文库结合 多种测序平台
与组装技术
1 scaffold,0 gap 5~6个月
细菌重测序 300bp小片段文库 HiSeq PE150   100X 40个工作日

 

生信分析内容

基本数据处理 基因注释 比较基因组分析
  • 测序数据的预处理及质量评估:
包括去接头,过滤低质量序列,去除污染序列等。
  • 基因组序列拼接组装:
   Clean reads拼装,拼装效果评估(Congtig N50、  
Scaffold N50、基因组覆盖度及GC%)等。
  • 基因预测
  • 基因注释
  • ncRNA注释
  • GO分类
  • KEGG通路分析等
  • 共线性比较
  • 同源基因分析
  • 基因进化分析
  • SNP/InDel/CNV等检测
 
高级或者个性化分析    请老师与分析人员沟通与协商。

 

相关案例:肠外致病性大肠杆菌的大规模基因组测序

研究人员基于Illumina HiSeq测序平台对312例血液和肠外尿通路的大肠杆菌进行从头测序列,研究结果表明转化了已知抗性的细菌表现抗生素抗药性,不同菌株的毒力基因在遗传过程中会被保留;Pan-genome和core genome分析表明肠外致病性大肠杆菌具有较高的基因组多样性;系统进化关系表明不同感染区域的肠外致病性大肠杆菌系统发育并没有明显的分离现象。

图1. 肠外致病性大肠杆菌全基因组进化树 A:血液和尿液 B:血液

参考文献:

Salipante S J, Roach D J, Kitzman J O, et al. Large-scale genomic sequencing of extraintestinal pathogenic Escherichia coli strains[J]. Genome research, 2015, 25(1): 119-128.